پیوندهای مفید
آمار
| تعداد نشریات | 21 |
| تعداد شماره‌ها | 610 |
| تعداد مقالات | 9,029 |
| تعداد مشاهده مقاله | 67,082,929 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 7,656,387 |
اثر آرایش مولکول‌های آب و کاتیون‌های سدیم بر منحنی گذار مولکول دی ان ای دیکرسون: یک مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی | ||
| شیمى کاربردى روز | ||
| مقاله 7، دوره 9، شماره 31، تیر 1393، صفحه 61-78 اصل مقاله (1.19 M) | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22075/chem.2017.671 | ||
| نویسنده | ||
| کبری ایزانلو* | ||
| تاریخ دریافت: 26 دی 1395، تاریخ بازنگری: 04 اسفند 1403، تاریخ پذیرش: 26 دی 1395 | ||
| چکیده | ||
| شبیه سازی دینامیک مولکولی روی ساختار B-DNA با توالی d(CGCGAATTCGCG) و در محیطی با غلظت یک مولار از نمک سدیم کلرید انجام شد. مطالعه در هفت دمای مختلف از 280 تا 400 کلوین با فاصله دمایی 20 کلوین با زمان شبیه سازی 50 نانو ثانیه برای هر دما انجام گرفت. در هر دما تابع توزیع شعاعی برای مولکول‌های آب و کاتیون‌های سدیم در اطراف اتم‌های مختلفی از مولکول دی ان ای محاسبه شد. محاسبات نشان داد در طی فرآیند ذوب شدن که مولکول دی ان ای از حالت دو رشته‌ای به تک رشته‌ای تغییر حالت می‌دهد، مولکول‌های آب از اطراف مولکول دی ان ای آزاد می‌شوند و در مقابل فاصله کاتیون‌های سدیم از اتم‌های دی ان ای کاهش می‌یابد. این رفتار در محدوده دمای گذار به طور شارپ و تیزی روی نمی‌دهد. بنابراین آزاد شدن مولکول‌های آب و نزدیک شدن کاتیون‌های سدیم در تیزی منحنی ذوب شدن مؤثر نیستند. بیشترین تعداد مولکول‌های آب اطراف اتم‌های اکسیژن گروه فسفات که دارای بار منفی هستند، دیده می‌شود. مولکول‌های آبی که بعد از دمای گذار از شیار کوچک دی ان ای آزاد می‌شوند بیشتر از شیار بزرگ است و همچنین نفوذ کاتیونها به شیار کوچک بیشتر از شیار بزرگ است. تبادل پروتون‌های ایمینو در تشکیل پیوندهای هیدروژنی بین بازهای مکمل مشاهده شد. سرعت تبادل پروتون‌های ایمینو به نوع باز آروماتیک بستگی دارد و در باز آدنین سریعتر از گوانین و سیتوزین می‌باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| مولکول دی ان ای؛ تابع توزیع شعاعی؛ فرآیند ذوب شدن؛ شبیه سازی دینامیک کولکولی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| The investigation of changes in arrangement of water molecules and salt ions around the DNA molecule in melting process: A Molecular Dynamics Simulation Study | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Cobra Izanloo | ||
| چکیده [English] | ||
| We have performed molecular dynamics simulation on B-DNA duplex (CGCGAATTGCGC) at different temperatures. The DNA was immerged in a salt-water medium with 1 M NaCl concentration. At each temperature the radial distribution function is calculated for different atoms of DNA molecule. Almost for all atoms of the DNA by double helix single-stranded transition, the water molecules release from DNA duplex and cations ions are close to single-stranded DNA, but this behavior does not seen in melting temperature, clearly. Therefore release of water molecules and approaching of cations to DNA by increasing temperature does not affect in sharpness of transition curve. The most of the water molecules and cations are around the negatively charged phosphate oxygen atoms. The number of water molecules released form first shell hydration upon melting in minor groove is higher than major groove and intrusion of cations into minor groove after melting is higher than major groove. Imino-proton exchange rates are dependent to type of bases and influence on the hydration of protons. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| DNA, radial distribution function, DNA melting, Molecular Dynamics | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,204 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 758 |
||